علمای افغانستان اعم از شیعه و سنی در سال ۱۳۸۳ خورشیدی، نهادی را بنام «شورای اخوت اسلامی» تأسیس نمودند، تا از این طریق بتوانند فعالیت های اسلامی خویش را در جامعه، اعم از ایجاد و تقویت فرهنگ اسلامی و مشترکات دینی، حفظ وحدت، اخوت و همبستگی اسلامی مطابق اساسنامه شورای اخوت اسلامی مصدر خدمت قرار گیرند.
سالهای نخستین، ریاست شورای اخوت اسلامی را شهید پروفیسور ا برهان الدین ربانی و آیت الله محسنی عهده دار بود، همه ساله رئیس، معاونین، رئیس و معاون دارالانشاء، رؤسا و معاونین کمیسیون ها در رقابت آزاد توسط رای اکثریت اعضای شورای اخوت انتخاب می گردد.